molpy-litrev

以下の文献レビューを実施: $ARGUMENTS

ステップ 1 — 文献検索 arXiv、ジャーナル、コードリポジトリを検索:

• "$ARGUMENTS" molecular dynamics force field
• "$ARGUMENTS" computational chemistry
• "$ARGUMENTS" molecular simulation 元の論文とそれに続く論文を見つけます。

ステップ 2 — 重要情報の抽出 主要論文から:

• 方程式: すべての主要な数学的定式化と正確な記号
• パラメータ: デフォルト値、有効範囲、単位
• 規約: どの規約が使用されているか(LAMMPS vs GROMACS vs AMBER)
• 近似: 何が近似されているか、そしてなぜか
• 制限事項: 既知の失敗モードまたは精度限界

ステップ 3 — 参照実装の検索 既存のコードを検索:

• LAMMPSソースコード(pair_style、bond_style実装)
• OpenMM / GROMACS参照コード
• AmberTools ソースコード(力場パラメータ用)
• RDKit / OpenBabel (SMARTS パターンと原子タイピング用)

ステップ 4 — 検証対象の特定 論文または参照コードから:

• 単純なシステムの既知の解析値(例えば、アルゴン LJ、SPC/E 水)
• 公開されたベンチマーク結果
• 参照パラメータ値(結合長、角度、力定数)

ステップ 5 — レポート 出力:

# 文献レビュー: <Method Name>

## 主要参考文献
- **論文**: Author et al., "Title", Journal Year
- **DOI**: URL

## 主要方程式
[論文からの方程式、単位付き]

## 規約に関する注記
[どのソフトウェア規約に従っているか、factor-of-2 の問題がないか]

## 参照実装
- [code/software] — [実装の詳細に関する注記]

## 検証対象
- 単純なシステム: 予想される数値
- パラメータ値: 公開されている参照データ

## 既知の制限事項

## MolPy への推奨事項
- どの既存の基底クラスを使用するか
- 従うべき単位規約
- 数値安定性に関する懸念

信頼できる論文が見つからない場合は、明確に報告し、ユーザーに参考文献の提供を依頼してください。