molpy-litrev
実装前に科学的根拠を確認するための文献レビューを行います。潜在的なパラメータセット、フォースフィールドパラメータ、計算オペレータ、またはタイピファイアルールを実装する前に使用してください。
description の原文を見る
Literature review to verify scientific basis before implementation. Use before implementing any potential, force field parameter set, compute operator, or typifier rule.
SKILL.md 本文
以下の文献レビューを実施: $ARGUMENTS
ステップ 1 — 文献検索 arXiv、ジャーナル、コードリポジトリを検索:
"$ARGUMENTS" molecular dynamics force field"$ARGUMENTS" computational chemistry"$ARGUMENTS" molecular simulation元の論文とそれに続く論文を見つけます。
ステップ 2 — 重要情報の抽出 主要論文から:
- 方程式: すべての主要な数学的定式化と正確な記号
- パラメータ: デフォルト値、有効範囲、単位
- 規約: どの規約が使用されているか(LAMMPS vs GROMACS vs AMBER)
- 近似: 何が近似されているか、そしてなぜか
- 制限事項: 既知の失敗モードまたは精度限界
ステップ 3 — 参照実装の検索 既存のコードを検索:
- LAMMPSソースコード(pair_style、bond_style実装)
- OpenMM / GROMACS参照コード
- AmberTools ソースコード(力場パラメータ用)
- RDKit / OpenBabel (SMARTS パターンと原子タイピング用)
ステップ 4 — 検証対象の特定 論文または参照コードから:
- 単純なシステムの既知の解析値(例えば、アルゴン LJ、SPC/E 水)
- 公開されたベンチマーク結果
- 参照パラメータ値(結合長、角度、力定数)
ステップ 5 — レポート 出力:
# 文献レビュー: <Method Name>
## 主要参考文献
- **論文**: Author et al., "Title", Journal Year
- **DOI**: URL
## 主要方程式
[論文からの方程式、単位付き]
## 規約に関する注記
[どのソフトウェア規約に従っているか、factor-of-2 の問題がないか]
## 参照実装
- [code/software] — [実装の詳細に関する注記]
## 検証対象
- 単純なシステム: 予想される数値
- パラメータ値: 公開されている参照データ
## 既知の制限事項
## MolPy への推奨事項
- どの既存の基底クラスを使用するか
- 従うべき単位規約
- 数値安定性に関する懸念
信頼できる論文が見つからない場合は、明確に報告し、ユーザーに参考文献の提供を依頼してください。
ライセンス: BSD-3-Clause(寛容ライセンスのため全文を引用しています) · 原本リポジトリ
詳細情報
- 作者
- MolCrafts
- リポジトリ
- MolCrafts/molpy
- ライセンス
- BSD-3-Clause
- 最終更新
- 2026/5/11
Source: https://github.com/MolCrafts/molpy / ライセンス: BSD-3-Clause
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