Biomedical Search

PubMed、bioRxiv、medRxiv、ClinicalTrials.gov、FDA医薬品ラベルなど、すべての主要な生物医学データベースにわたって、Valyu の semantic search API により、自然言語クエリを使用して同時に検索します。

このスキルが強力な理由

• API パラメータ解析不要: 複雑な検索パラメータを構築する必要なく、自然言語クエリを直接渡すだけ
• Semantic Search: キーワード一致だけでなく、クエリの意味を理解
• 全文アクセス: 文献、試験、医薬品ラベルから完全なコンテンツを返す
• 画像リンク: 利用可能な場合、図表と画像を含める
• 包括的なカバレッジ: PubMed、bioRxiv、medRxiv、臨床試験、医薬品ラベルを同時に検索
• 統合結果: 1 つのクエリで、すべての生物医学ソースからの結果を取得

必要な環境

1. Node.js 18+ (組み込み fetch を使用)
2. https://platform.valyu.ai から取得した Valyu API キー ($10 無料クレジット)

重要: スクリプト パス解決

このドキュメント内の scripts/search コマンドは、このスキルのインストール ディレクトリに相対的です。

コマンドを実行する前に、以下を使用してスクリプトを探します:

BIOMEDICAL_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/biomedical-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

その後、すべてのコマンドにフルパスを使用します:

$BIOMEDICAL_SCRIPT "CAR-T cell therapy" 20

API キー セットアップ フロー

検索を実行して "setup_required": true を受け取った場合、以下のフローに従います:

1. ユーザーに API キーを要求します: 「生物医学データベースを検索するには、Valyu API キーが必要です。https://platform.valyu.ai で無料 ($10 クレジット) で取得できます」

2. ユーザーがキーを提供したら、以下を実行します:

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 元の検索を再試行します。

このスキルを使用する場合

• 完全な生物医学情報収集
• 臨床研究と基礎科学の組み合わせ
• 試験、文献、公式医薬品情報を一緒に見つける
• エビデンスに基づく医学研究
• 複数の視点から疾患を理解する

出力形式

{
  "success": true,
  "type": "biomedical_search",
  "query": "CAR-T cell therapy",
  "result_count": 20,
  "results": [
    {
      "title": "Title",
      "url": "https://...",
      "content": "Full content...",
      "source": "pubmed|biorxiv|medrxiv|clinical-trials|drug-labels",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.035
}

結果の処理

jq を使用する場合

# タイトルを取得
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].title'

# URL を取得
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].url'

# 完全なコンテンツを抽出
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].content'

# ソース タイプでフィルタリング
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[] | select(.source == "clinical-trials") | .title'

一般的な使用例

臨床研究計画

# 臨床研究設計のためのエビデンスを収集
scripts/search "phase 2 trials checkpoint inhibitors melanoma" 50

医薬品安全性評価

# 安全性データについて文献、ラベル、試験を検索
scripts/search "SGLT2 inhibitors cardiovascular safety" 40

治療プロトコル開発

# 現在の実践と新興アプローチを見つける
scripts/search "pembrolizumab dosing regimens NSCLC" 30

医学著作

# 医学コミュニケーション用の包括的な研究
scripts/search "JAK inhibitors rheumatoid arthritis efficacy" 60

エラー処理

すべてのコマンドは success フィールドを含む JSON を返します:

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

終了コード:

• 0 - 成功
• 1 - エラー (詳細は JSON を確認)

API エンドポイント

• ベース URL: https://api.valyu.ai/v1
• エンドポイント: /search
• 認証: X-API-Key ヘッダー

アーキテクチャ

scripts/
├── search          # Bash ラッパー
└── search.mjs      # Node.js CLI

Node.js 組み込み fetch() を使用した直接 API 呼び出し、外部依存関係なし。

プロジェクトに追加する

AI プロジェクトを構築していて、Biomedical Search をアプリケーションに直接統合したい場合は、Valyu SDK を使用します:

Python 統合

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv", "valyu/valyu-clinical-trials", "valyu/valyu-drug-labels"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript 統合

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv", "valyu/valyu-clinical-trials", "valyu/valyu-drug-labels"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

詳細な統合例と SDK リファレンスについては、Valyu docs を参照してください。