Wiki Export — ナレッジグラフエクスポート

wiki の wikilink グラフを構造化フォーマットにエクスポートして、外部ツール (Gephi、Neo4j、カスタムスクリプト、ブラウザビジュアライゼーション) で使用できるようにしています。

開始する前に

1. Config を解決する — llm-wiki/SKILL.md の Config Resolution Protocol に従う (CWD から .env → ~/.obsidian-wiki/config → プロンプトセットアップを上に歩む)。これにより OBSIDIAN_VAULT_PATH が得られます
2. vault にエクスポートするページがあることを確認する — ページ数が 5 未満の場合、ユーザーに警告して停止します

可視性フィルタ (オプション)

デフォルトでは、すべてのページがエクスポート され、可視性タグに関わらず既存の動作が保持されます。

ユーザーがフィルタ付きエクスポートをリクエストした場合 — 「public export」、「user-facing export」、「exclude internal」、「no internal pages」 などのフレーズ — フィルタモード を有効にします:

• ブロックタグセット を構築: {visibility/internal, visibility/pii}
• ノードリストを構築する際に、frontmatter タグにブロックタグを含むページをスキップ
• 除外されたエンドポイントを持つエッジはスキップ
• サマリーにフィルタを記録: (filtered: visibility/internal, visibility/pii excluded)

visibility/ タグがないページ、または visibility/public タグ付きのページは常に含まれます。

ステップ 1: ノードとエッジのリストを構築

vault 内のすべての .md ファイルを glob (_archives/、_raw/、.obsidian/、index.md、log.md、_insights.md を除く)。フィルタモードでは、タグに visibility/internal または visibility/pii を含むページもスキップします。

各ページに対して、frontmatter から以下を抽出します:

• id — vault ルートからの相対パス、.md 拡張子なし (例: concepts/transformers)
• label — frontmatter の title フィールド、またはない場合はファイル名
• category — ディレクトリプレフィックス (concepts、entities、skills、references、synthesis、projects、または journal)
• tags — frontmatter tags フィールドから配列
• summary — frontmatter summary フィールド (ある場合)

これが ノードリスト です。

各ページについて、本文を \[\[.*?\]\] でグレップしてすべての wikilink を抽出:

• 各 [[target]] または [[target|display]] をパース — target 部分のみを使用
• target をノード id に解決 (正規化: 小文字、スペース→ハイフン、.md を削除)
• ノードリストの外を指すリンクをスキップ (破損リンク)
• 各解決されたリンクはエッジになります: {source: page_id, target: linked_id, relation: "wikilink", confidence: "EXTRACTED"}
• リンク元の文が ^[inferred] または ^[ambiguous] で終わる場合、confidence をそれに応じてオーバーライド

タイプ付きエッジのエンリッチメント: wikilink エッジリストを構築した後、各ページの relationships: frontmatter ブロックを読みます。各 {target, type} エントリについて:

• target YAML 値は "[[concepts/lstm]]" のようなクォーテーションされた wikilink 文字列です。周囲の [[ と ]] 文字を削除し、同じ正規化 (小文字、スペース→ハイフン、.md を削除) を適用してノード id を取得します。
• ノードリストに含まれていない解決された target を持つエントリをスキップ (破損リンク)
• この (source, target) ペアのエッジがすでに存在する場合、その relation フィールドをタイプ付き値 (例: "contradicts") でオーバーライドし、typed: true を設定
• このペアのエッジがまだ存在しない場合、追加: {source: page_id, target: target_id, relation: <type>, confidence: "EXTRACTED", typed: true}

つまり relation: "wikilink" は単純なタイプなしリンクのデフォルトです; relationships: エントリはそれを名前付きセマンティックタイプに昇格させます。本文 wikilink と relationships: エントリの両方から発生したエッジは単一レコードを保持します — タイプ付きバージョンが優先されます。

これが エッジリスト です。

ステップ 2: コミュニティ ID を割り当て

タグクラスタリングによってページをコミュニティにグループ化:

• 同じ支配的タグを共有するページは同じコミュニティに属する
• 支配的タグ = ページの frontmatter tags 配列の最初のタグ
• タグなしのページはコミュニティ id null を取得
• コミュニティに 0 から番号を付け、サイズの降順 (最大のコミュニティ = 0) でソート

これにより、HTML ビジュアライゼーションと Gephi のようなツールでコミュニティベースの色分けが可能になります。

ステップ 3: 出力ファイルを書き込む

vault ルートに wiki-export/ を作成 (存在しない場合)。4 つすべてのファイルを書き込みます:

---

3a. graph.json

NetworkX node_link フォーマット — グラフツールとスクリプト向けの標準:

{
  "directed": false,
  "multigraph": false,
  "graph": {
    "exported_at": "<ISO timestamp>",
    "vault": "<OBSIDIAN_VAULT_PATH>",
    "total_nodes": N,
    "total_edges": M
  },
  "nodes": [
    {
      "id": "concepts/transformers",
      "label": "Transformer Architecture",
      "category": "concepts",
      "tags": ["ml", "architecture"],
      "summary": "The attention-based architecture introduced in Attention Is All You Need.",
      "community": 0
    }
  ],
  "links": [
    {
      "source": "concepts/transformers",
      "target": "entities/vaswani",
      "relation": "wikilink",
      "confidence": "EXTRACTED"
    },
    {
      "source": "concepts/transformers",
      "target": "concepts/lstm",
      "relation": "contradicts",
      "confidence": "EXTRACTED",
      "typed": true
    }
  ]
}

---

3b. graph.graphml

GraphML XML フォーマット — Gephi、yEd、Cytoscape で読み込み可能:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/graphml">
  <key id="label" for="node" attr.name="label" attr.type="string"/>
  <key id="category" for="node" attr.name="category" attr.type="string"/>
  <key id="tags" for="node" attr.name="tags" attr.type="string"/>
  <key id="community" for="node" attr.name="community" attr.type="int"/>
  <key id="relation" for="edge" attr.name="relation" attr.type="string"/>
  <key id="type" for="edge" attr.name="type" attr.type="string"/>
  <key id="confidence" for="edge" attr.name="confidence" attr.type="string"/>
  <graph id="wiki" edgedefault="undirected">
    <node id="concepts/transformers">
      <data key="label">Transformer Architecture</data>
      <data key="category">concepts</data>
      <data key="tags">ml, architecture</data>
      <data key="community">0</data>
    </node>
    <!-- Untyped wikilink — no <data key="type"> element -->
    <edge source="concepts/transformers" target="entities/vaswani">
      <data key="relation">wikilink</data>
      <data key="confidence">EXTRACTED</data>
    </edge>
    <!-- Typed edge from relationships: block -->
    <edge source="concepts/transformers" target="concepts/lstm">
      <data key="relation">contradicts</data>
      <data key="type">contradicts</data>
      <data key="confidence">EXTRACTED</data>
    </edge>
  </graph>
</graphml>

各ページに 1 つの <node> を書き込み、各リンクに 1 つの <edge> を書き込みます。タイプ付きエッジ (エッジリストで typed: true のもの) について、<data key="relation"> をセマンティックタイプ値 と <data key="type"> を同じ値で出力します — これにより、すでにそれを消費するツールが読める relation を保持しながら、タイプ対応ツールが専用の type キーでフィルタできるようにします。タイプなし wikilink は <data key="type"> 要素を完全に省略します。

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3c. cypher.txt

Neo4j Cypher MERGE ステートメント — Neo4j Browser に貼り付けるか cypher-shell で実行:

// Wiki knowledge graph export — <TIMESTAMP>
// Load with: cypher-shell -u neo4j -p password < cypher.txt

// Nodes
MERGE (n:Page {id: "concepts/transformers"}) SET n.label = "Transformer Architecture", n.category = "concepts", n.tags = ["ml","architecture"], n.community = 0;
MERGE (n:Page {id: "entities/vaswani"}) SET n.label = "Ashish Vaswani", n.category = "entities", n.tags = ["person","ml"], n.community = 0;
MERGE (n:Page {id: "concepts/lstm"}) SET n.label = "LSTM", n.category = "concepts", n.tags = ["ml","rnn"], n.community = 0;

// Relationships
// Untyped wikilinks use [:WIKILINK]
MATCH (a:Page {id: "concepts/transformers"}), (b:Page {id: "entities/vaswani"}) MERGE (a)-[:WIKILINK {relation: "wikilink", confidence: "EXTRACTED"}]->(b);
// Typed edges use the relationship type as the label (UPPERCASE)
MATCH (a:Page {id: "concepts/transformers"}), (b:Page {id: "concepts/lstm"}) MERGE (a)-[:CONTRADICTS {relation: "contradicts", confidence: "EXTRACTED"}]->(b);

ページごとに 1 つの MERGE ノードステートメント、エッジごとに 1 つの MATCH/MERGE リレーションシップステートメントを書き込みます。タイプ付きエッジの場合、type 値を大文字にして Cypher リレーションシップラベルとして使用 (例: contradicts → [:CONTRADICTS]、derived_from → [:DERIVED_FROM])。タイプなし wikilink は常に [:WIKILINK] を使用します。

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3d. graph.html

vis.js CDN を使用した自己完結型インタラクティブビジュアライゼーション (ローカル依存なし)。ユーザーはこのファイルをブラウザで開くだけです — サーバーは不要です。

HTML ファイルを以下のように生成:

1. vis.js 用のノードオブジェクト JSON 配列を生成:

{id: "concepts/transformers", label: "Transformer Architecture", color: {background: "#4E79A7"}, size: <degree * 3 + 8>, title: "concepts | #ml #architecture", community: 0}

• コミュニティ別に色分け (サイクル: #4E79A7、#F28E2B、#E15759、#76B7B2、#59A14F、#EDC948、#B07AA1、#FF9DA7、#9C755F、#BAB0AC)
• 度数別にサイズ (着信 + 発信リンク数): size = degree * 3 + 8、60 でキャップ
• title = ホバー時に表示されるツールチップテキスト: カテゴリ、タグ、サマリー (利用可能な場合)

2. vis.js 用のエッジオブジェクト JSON 配列を生成:

// Untyped wikilink
{from: "concepts/transformers", to: "entities/vaswani", dashes: false, width: 1, color: {color: "#666", opacity: 0.6}, title: "wikilink"}
// Typed edge
{from: "concepts/transformers", to: "concepts/lstm", dashes: false, width: 2, color: {color: "#E15759", opacity: 0.8}, label: "contradicts", font: {size: 9, color: "#ccc"}, title: "contradicts"}

• INFERRED エッジの場合 dashes: true
• AMBIGUOUS エッジの場合 dashes: [4,8]
• タイプ付きエッジ (typed: true): width: 2 を設定、タイプを示す label フィールドを追加、タイプ固有の色を適用:

タイプ	エッジ色
extends	#59A14F (緑)
implements	#4E79A7 (青)
contradicts	#E15759 (赤)
derived_from	#F28E2B (橙)
uses	#76B7B2 (ティール)
replaces	#B07AA1 (紫)
related_to	#BAB0AC (灰色 — タイプなしと同じ)

タイプなし wikilink エッジは既存の #666 灰色を保持し、ラベルはありません。

3. 完全な HTML ファイルを書き込み:

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>Wiki Knowledge Graph</title>
<script src="https://unpkg.com/vis-network/standalone/umd/vis-network.min.js"></script>
<style>
  * { box-sizing: border-box; margin: 0; padding: 0; }
  body { background: #0f0f1a; color: #e0e0e0; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", sans-serif; display: flex; height: 100vh; }
  #graph { flex: 1; }
  #sidebar { width: 260px; background: #1a1a2e; border-left: 1px solid #2a2a4e; padding: 14px; overflow-y: auto; font-size: 13px; }
  #sidebar h3 { color: #aaa; font-size: 11px; text-transform: uppercase; letter-spacing: 0.05em; margin: 0 0 10px; }
  #info { margin-bottom: 16px; line-height: 1.6; color: #ccc; }
  .legend-item { display: flex; align-items: center; gap: 8px; padding: 3px 0; font-size: 12px; }
  .dot { width: 10px; height: 10px; border-radius: 50%; flex-shrink: 0; }
  #stats { margin-top: 16px; color: #555; font-size: 11px; }
</style>
</head>
<body>
<div id="graph"></div>
<div id="sidebar">
  <h3>Wiki Knowledge Graph</h3>
  <div id="info">Click a node to see details.</div>
  <h3 style="margin-top:12px">Communities</h3>
  <div id="legend"><!-- populated by JS --></div>
  <div id="stats"><!-- populated by JS --></div>
</div>
<script>
const NODES_DATA = /* NODES_JSON */;
const EDGES_DATA = /* EDGES_JSON */;
const COMMUNITY_COLORS = ["#4E79A7","#F28E2B","#E15759","#76B7B2","#59A14F","#EDC948","#B07AA1","#FF9DA7","#9C755F","#BAB0AC"];

const nodes = new vis.DataSet(NODES_DATA);
const edges = new vis.DataSet(EDGES_DATA);
const network = new vis.Network(document.getElementById('graph'), {nodes, edges}, {
  physics: { solver: 'forceAtlas2Based', forceAtlas2Based: { gravitationalConstant: -60, springLength: 120 }, stabilization: { iterations: 200 } },
  interaction: { hover: true, tooltipDelay: 100 },
  nodes: { shape: 'dot', borderWidth: 1.5 },
  edges: { smooth: { type: 'continuous' }, arrows: { to: { enabled: true, scaleFactor: 0.4 } } }
});
network.once('stabilizationIterationsDone', () => network.setOptions({ physics: { enabled: false } }));

network.on('click', ({nodes: sel}) => {
  if (!sel.length) return;
  const n = NODES_DATA.find(x => x.id === sel[0]);
  if (!n) return;
  document.getElementById('info').innerHTML = `<b>${n.label}</b><br>Category: ${n.category||'—'}<br>Tags: ${n.tags||'—'}<br>${n.summary ? '<br>'+n.summary : ''}`;
});

// Build legend
const communities = {};
NODES_DATA.forEach(n => { if (n.community != null) communities[n.community] = (communities[n.community]||0)+1; });
const leg = document.getElementById('legend');
Object.entries(communities).sort((a,b)=>b[1]-a[1]).forEach(([cid, count]) => {
  const color = COMMUNITY_COLORS[cid % COMMUNITY_COLORS.length];
  leg.innerHTML += `<div class="legend-item"><div class="dot" style="background:${color}"></div>Community ${cid} (${count})</div>`;
});
document.getElementById('stats').textContent = `${NODES_DATA.length} pages · ${EDGES_DATA.length} links`;
</script>
</body>
</html>

/* NODES_JSON */ と /* EDGES_JSON */ をステップ 1 で生成した実際の JSON 配列に置き換えます。

---

ステップ 4: サマリーを出力

Wiki export complete → wiki-export/
  graph.json    — N nodes, M edges (NetworkX node_link format)
  graph.graphml — N nodes, M edges (Gephi / yEd / Cytoscape)
  cypher.txt    — N MERGE nodes + M MERGE relationships (Neo4j)
  graph.html    — interactive browser visualization (open in any browser)

フィルタモードでは、除外されたものを示す行を追加:

  (filtered: X of Y pages excluded — visibility/internal, visibility/pii)

注記

• 再実行は安全 — すべての出力ファイルは実行のたびに上書きされます
• 破損した wikilink はスキップされます — vault に存在するページへのエッジのみがエクスポートされます
• wiki-export/ ディレクトリは gitignore されるべき (vault がバージョン管理されている場合) — これらは派生成果物です
• graph.json は主要フォーマット — その他はそれから派生しています。将来のツールがグラフクエリをネイティブサポートする場合は、graph.json を指してください