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タンパク質間相互作用に特化したSTRING APIをクエリできます。5,900万個のタンパク質と200億の相互作用データを搭載し、5,000以上の生物種に対応しています。ネットワーク解析、GO/KEGG機能解析、新規相互作用の発見など、システム生物学の研究に必要な機能を提供します。
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Query STRING API for protein-protein interactions (59M proteins, 20B interactions). Network analysis, GO/KEGG enrichment, interaction discovery, 5000+ species, for systems biology.
SKILL.md 本文
STRINGデータベース
概要
STRINGは、59M個のタンパク質と5000以上の生物種にわたる20B以上の相互作用をカバーする、既知および予測されたタンパク質間相互作用の包括的なデータベースです。REST APIを使用して相互作用ネットワークをクエリし、機能エンリッチメント解析を実行し、システムズ生物学およびパスウェイ解析用のパートナーを発見できます。
このスキルを使用する場合
このスキルは以下の場合に使用してください:
- 単一または複数のタンパク質のタンパク質間相互作用ネットワークを取得する場合
- タンパク質リストに対して機能エンリッチメント解析(GO、KEGG、Pfam)を実行する場合
- 相互作用パートナーを発見し、タンパク質ネットワークを拡張する場合
- タンパク質が有意に濃縮された機能モジュールを形成するかどうかをテストする場合
- エビデンスベースの色付けを持つネットワーク可視化を生成する場合
- ホモロジーおよびタンパク質ファミリー関係を分析する場合
- 種間のタンパク質相互作用比較を実施する場合
- ハブタンパク質とネットワーク接続パターンを特定する場合
クイックスタート
このスキルは以下を提供します:
- すべてのSTRING REST API操作用のPythonヘルパー関数(`scripts/string_api.py
...
詳細情報
- 作者
- CX330Blake
- リポジトリ
- CX330Blake/dotfiles
- ライセンス
- unknown
- 最終更新
- 2026/5/4
Source: https://github.com/CX330Blake/dotfiles / ライセンス: unknown
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