STRINGデータベース

概要

STRINGは、59M個のタンパク質と5000以上の生物種にわたる20B以上の相互作用をカバーする、既知および予測されたタンパク質間相互作用の包括的なデータベースです。REST APIを使用して相互作用ネットワークをクエリし、機能エンリッチメント解析を実行し、システムズ生物学およびパスウェイ解析用のパートナーを発見できます。

このスキルを使用する場合

このスキルは以下の場合に使用してください:

• 単一または複数のタンパク質のタンパク質間相互作用ネットワークを取得する場合
• タンパク質リストに対して機能エンリッチメント解析(GO、KEGG、Pfam)を実行する場合
• 相互作用パートナーを発見し、タンパク質ネットワークを拡張する場合
• タンパク質が有意に濃縮された機能モジュールを形成するかどうかをテストする場合
• エビデンスベースの色付けを持つネットワーク可視化を生成する場合
• ホモロジーおよびタンパク質ファミリー関係を分析する場合
• 種間のタンパク質相互作用比較を実施する場合
• ハブタンパク質とネットワーク接続パターンを特定する場合

クイックスタート

このスキルは以下を提供します:

1. すべてのSTRING REST API操作用のPythonヘルパー関数(`scripts/string_api.py

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