PubMed Search

Valuの semantic search API を使用した自然言語クエリで、PubMedの完全なバイオメディカル文献データベースを検索します。

なぜこのスキルが強力なのか

• API パラメータの解析が不要: 複雑な検索パラメータを構築する必要なく、自然言語クエリを直接渡せます
• セマンティック検索: キーワードマッチングだけでなく、クエリの意味を理解します
• 全文アクセス: 要約ではなく、記事の完全な内容を返します
• 画像リンク: 論文から図表や画像を含めます
• 包括的なカバレッジ: PubMedのすべてのバイオメディカル文献にアクセスできます

必要な環境

1. Node.js 18以上（組み込みの fetch を使用）
2. https://platform.valyu.ai から取得した Valyu API キー（$10 分の無料クレジット）

重要: スクリプトパスの解決

このドキュメント内の scripts/search コマンドは、このスキルのインストールディレクトリに相対的なパスです。

コマンドを実行する前に、以下を使用してスクリプトを探してください:

PUBMED_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/pubmed-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

その後、すべてのコマンドでフルパスを使用してください:

$PUBMED_SCRIPT "CRISPR gene editing" 15

API キー設定フロー

検索を実行して "setup_required": true を受け取った場合、以下のフローに従ってください:

1. ユーザーに API キーを求めます: 「PubMedを検索するには、Valyu API キーが必要です。https://platform.valyu.ai で無料($10 クレジット)で取得できます」

2. ユーザーがキーを提供したら、以下を実行します:

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 元の検索を再試行します。

例:

ユーザー: PubMedでCAR-T cell therapy advancesを検索
→ レスポンス: {"success": false, "setup_required": true, ...}
→ Claude: 「https://platform.valyu.ai から Valyu API キーを提供してください」
→ ユーザー: 「val_abc123...」
→ Claude: scripts/search setup val_abc123... を実行
→ レスポンス: {"success": true, "type": "setup", ...}
→ Claude: scripts/search "CAR-T cell therapy advances" 10 を再試行
→ 成功!

使い方

基本的な検索

scripts/search "your natural language query" [maxResults]

例

# COVID-19の最新研究を検索
scripts/search "COVID-19 vaccine efficacy studies" 15

# 特定の遺伝子に関する論文を検索
scripts/search "BRCA1 mutations and breast cancer risk" 20

# 治療法を検索
scripts/search "immunotherapy for melanoma clinical trials" 10

# 薬物メカニズムの研究
scripts/search "mechanism of action of metformin in type 2 diabetes" 12

セットアップコマンド

scripts/search setup <api-key>

出力形式

{
  "success": true,
  "type": "pubmed_search",
  "query": "CRISPR gene editing",
  "result_count": 10,
  "results": [
    {
      "title": "Article Title",
      "url": "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/...",
      "content": "Full article text with figures...",
      "source": "pubmed",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

結果の処理

jq を使う場合

# 記事タイトルを取得
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].title'

# URL を取得
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].url'

# 全文内容を抽出
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].content'

よくある使用例

文献レビュー

# あるトピックのすべての論文を検索
scripts/search "mechanisms of aging in humans" 50

医薬品開発

# 医薬品ターゲットを検索
scripts/search "novel targets for Alzheimer's disease treatment" 20

臨床研究

# 臨床試験の結果を検索
scripts/search "phase 3 trials for rheumatoid arthritis biologics" 15

遺伝子機能

# 遺伝子機能を研究
scripts/search "role of TP53 in cancer development" 25

エラーハンドリング

すべてのコマンドは success フィールドを含む JSON を返します:

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

終了コード:

• 0 - 成功
• 1 - エラー (詳細は JSON を確認してください)

API エンドポイント

• ベース URL: https://api.valyu.ai/v1
• エンドポイント: /search
• 認証: X-API-Key ヘッダー

アーキテクチャ

scripts/
├── search          # Bash ラッパー
└── search.mjs      # Node.js CLI

Node.js 組み込みの fetch() を使用した直接 API 呼び出し、外部依存なし。

プロジェクトに統合する

AI プロジェクトを構築していて PubMed 検索を直接アプリケーションに統合したい場合は、Valyu SDK を使用してください:

Python 統合

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="immunotherapy for melanoma",
    included_sources=["valyu/valyu-pubmed"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript 統合

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "immunotherapy for melanoma",
  includedSources: ["valyu/valyu-pubmed"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

詳細な統合例および SDK リファレンスについては、Valyu ドキュメントを参照してください。