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分子動力学シミュレーションのセットアップ、実行、および軌跡解析
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Molecular dynamics simulation setup, execution, and trajectory analysis
SKILL.md 本文
分子動力学ガイド
MD(分子動力学)シミュレーションのセットアップ、実行、解析を行うスキルです。GROMACS、OpenMM、MDAnalysisを使用して、力場の選択、システムの準備、シミュレーションプロトコル、軌跡解析、自由エネルギー計算をカバーしています。
システムの準備
シミュレーションシステムの構築
MDシミュレーション準備のための標準的なワークフロー：
1. 構造を取得（PDB、ホモロジーモデル、またはドッキングポーズ）
2. 構造をクリーニング（欠落原子の追加、プロトン化状態の修正）
3. 力場パラメータを割り当て
4. 明示的な水ボックスで溶媒和
5. 電荷を中和するため対イオンを追加
6. エネルギー最小化
7. 平衡化（NVTその後NPT）
8. 生成実行
GROMACSシステムセットアップ
# 1. PDBからトポロジーを生成
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o processed.gro -water tip3p -ff amber99sb-ildn
# 2. シミュレーションボックスを定義（正十二面体、1.0 nmバッファ）
gmx editconf -f processed.gro -o boxed.gro -c -d 1.0 -bt dodecahedro
...
詳細情報
- 作者
- liongkj
- ライセンス
- AGPL-3.0
- 最終更新
- 2026/4/24
Source: https://github.com/liongkj/zotero-library-bridge-skills / ライセンス: AGPL-3.0
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