分子動力学ガイド

MD(分子動力学)シミュレーションのセットアップ、実行、解析を行うスキルです。GROMACS、OpenMM、MDAnalysisを使用して、力場の選択、システムの準備、シミュレーションプロトコル、軌跡解析、自由エネルギー計算をカバーしています。

システムの準備

シミュレーションシステムの構築

MDシミュレーション準備のための標準的なワークフロー：

1. 構造を取得（PDB、ホモロジーモデル、またはドッキングポーズ）
2. 構造をクリーニング（欠落原子の追加、プロトン化状態の修正）
3. 力場パラメータを割り当て
4. 明示的な水ボックスで溶媒和
5. 電荷を中和するため対イオンを追加
6. エネルギー最小化
7. 平衡化（NVTその後NPT）
8. 生成実行

GROMACSシステムセットアップ

# 1. PDBからトポロジーを生成
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o processed.gro -water tip3p -ff amber99sb-ildn

# 2. シミュレーションボックスを定義（正十二面体、1.0 nmバッファ）
gmx editconf -f processed.gro -o boxed.gro -c -d 1.0 -bt dodecahedro

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