hisat2-build-s

クイックスタート

• コマンド: hisat2-build-s <reference_in> <ht2_index_base>
• ローカル実行ファイル: /home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/hisat2-build-s
• 完全なリファレンス: references/help.mdを参照してください。全オプションと使用方法の詳細が記載されています。

このツールを使用する場合

• 典型的なゲノムサイズに対して標準的なHISAT2スモールインデックス(.ht2)を構築する場合にhisat2-build-sを使用します。
• SNP、ハプロタイプ、スプライスサイト、エクソン、またはリピートアノテーションで参照配列を拡張するグラフ対応インデックス生成に適しています。
• hisat2-buildラッパーロジックに依存するのではなく、スモールインデックスビルダーを明示的に強制したい場合に使用します。
• これはhisat2-align-sの前に実行する通常のアップストリームステップです。

一般的なパターン

# 1つのFASTAから標準的なHISAT2インデックスを構築
hisat2-build-s genome.fa genome

# RNA-seqアラインメント用のスプライスサイトとエクソンアノテーションを追加
hisat2-build-s genome.fa genome --ss splicesites.txt --exon exons.txt

# SNPとハプロタイプアノテーションを含める
hisat2-build-s genome.fa genome --snp snps.txt --haplotype haplotypes.txt

# インデックス構築を並列化
hisat2-build-s -p 8 genome.fa genome

推奨ワークフロー

1. 参照配列ファイルと任意のアノテーションファイル(SNP、ハプロタイプ、スプライスサイト、エクソン)を準備します。
2. -pオプションを使用してマルチスレッド処理を有効にし、参照入力と目的のインデックスベース名を指定してhisat2-build-sを実行します。
3. 生成された.ht2インデックスファイルが指定されたベースパスに作成されたことを確認します。
4. このツールの警告に注意してください。hisat2-build-sを直接使用するのではなく、hisat2-buildラッパーの使用を検討してください。

ガイドレール

• このツールは、hisat2-build-sを直接使用するのではなく、hisat2-buildラッパーを使用することを推奨しています。
• <reference_in>と<ht2_index_base>の両方の引数が必須です。
• -p <int>を使用して、利用可能なシステムリソースに基づいてスレッド数を制御します。
• ダウンストリームのアラインメントツールには、.ht2サフィックスなしのベース名のみを渡します。