functional-screen-analysis
ENCODEの機能ゲノミクススクリーンを分析できます。CRISPR スクリーン、MPRA（大規模並列レポーターアッセイ）、STARR-seq などに対応しています。ENCODE からスクリーンデータを検索し、結果を処理して機能領域を特定し、エピゲノム注釈と統合します。
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Analyze ENCODE functional genomics screens including CRISPR screens, MPRA (Massively Parallel Reporter Assays), and STARR-seq. Find screen data in ENCODE, process results, identify functional elements, and integrate with epigenomic annotations.
SKILL.md 本文
ENCODE 機能ゲノミクススクリーンの分析
使用時機
- ユーザーが ENCODE から CRISPR スクリーン、MPRA、または STARR-seq データを検索または分析したい場合
- ユーザーが「機能的スクリーン」「CRISPR 摂動」「レポーターアッセイ」または「エンハンサー検証」について質問する場合
- ユーザーがスクリーン結果から機能的に検証された制御要素を特定する必要がある場合
- ユーザーがスクリーン結果をエピゲノム注釈（ChIP-seq、ATAC-seq ピーク）と統合したい場合
- クエリ例：「ENCODE で CRISPR スクリーンデータを検索」「MPRA 結果でエンハンサー活性を分析」「どの制御要素が機能的検証を持つ？」
ENCODE カタログから、CRISPR スクリーン、MPRA（Massively Parallel Reporter Assays）、および STARR-seq 実験から機能的検証データを発見および解釈します。これらのアッセイは、候補制御要素が機能的活性を持つかどうかを直接テストし、ChIP-seq、ATAC-seq、および Hi-C からの相関的証拠を補完します。
科学的根拠
質問：「ENCODE によって特定された候補制御要素のうち、実際に機能的活性を持つものはどれで、どの遺伝子を制御するのか？
...
詳細情報
- 作者
- ammawla
- ライセンス
- AGPL-3.0
- 最終更新
- 2026/5/8
Source: https://github.com/ammawla/encode-toolkit / ライセンス: AGPL-3.0
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