bio-methylation-calling
Bismark BAMファイルからbismark_methylation_extractorを使用してメチル化呼び出しを抽出します。CpG、CHG、CHHコンテキストごとにシトシン単位のレポートを生成します。バイサルファイトシーケンシングのアライメント済みデータからメチル化レベルを抽出し、下流解析に利用する際に使用してください。
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Extract methylation calls from Bismark BAM files using bismark_methylation_extractor. Generates per-cytosine reports for CpG, CHG, and CHH contexts. Use when extracting methylation levels from aligned bisulfite sequencing data for downstream analysis.
SKILL.md 本文
バージョン互換性
参考例はpandas 2.2+でテスト済みです。
コードパターンを使用する前に、インストールされたバージョンが一致していることを確認してください。バージョンが異なる場合:
- Python:
pip show <package>で確認してからhelp(module.function)でシグネチャをチェック - CLI:
<tool> --versionで確認してから<tool> --helpでフラグを確認
コードがImportError、AttributeError、またはTypeErrorをスローする場合は、インストール済みパッケージを調査して、例を実際のAPIに適応させるのが、再試行するより効果的です。
メチル化コーリング
「Bismark BAMからメチル化コールを抽出したい」 → アライン済みバイサルファイトシーケンシングデータからサイトごとのメチル化レポート(CpG、CHG、CHHコンテキスト)を生成します。
- CLI:
bismark_methylation_extractor --bedGraph --cytosine_report sample.bam
基本的な抽出
# Bismark BAMからメチル化コールを抽出
bismark_methylation_extracto
...
詳細情報
- 作者
- FreedomIntelligence
- ライセンス
- unknown
- 最終更新
- 2026/3/27
Source: https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills / ライセンス: unknown
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